Pusat Studi Biofarmaka Tropika IPB University Gelar Workshop Docking Molekul
Pusat Studi Biofarmaka Tropika, Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada masyarakat (LPPM) IPB University menggelar Workshop Docking Molekul Tingkat Dasar Angkatan 2 melalui Zoom Meeting, (24-25/06/22). Dr Setyanto Tri Wahyudi yang juga merupakan dosen aktif di Departemen Fisika Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam IPB University berperan sebagai pemateri.
Materi yang ditawarkan dalam workshop tersebut di antaranya pengenalan struktur 3D protein, sekuen fasta, PDB Bank, serta database Uniprot. Kemudian dilanjutkan dengan pencarian struktur 3D protein, visualisasi struktur protein, pencarian struktur ligan, serta optimasi geometri struktur ligan yang disampaikan pada hari pertama. Selanjutnya di hari kedua, materi dilanjutkan dengan topik pengenalan docking molekul, preparasi docking, re-docking, cross-docking dengan ligan uji, serta analisa hasil docking.
“Workshop ini diselenggarakan memang masih pada prinsip-prinsip dasar. Saya harap para peserta nantinya dapat menggunakan prinsip penambatan molekul ini dalam risetnya terutama memperkaya riset yang ada di laboratorium. Biasanya tambahan data ini akan menunjang data di laboratorium dan meningkatkan kepercayaan terhadap data yang diolah,” ujar Prof Dr Irmanida Batubara selaku kepala Pusat Studi Biofarmaka Tropika LPPM IPB University.
Workshop tersebut dilengkapi dengan fasilitas berupa program-program simulasi dengan lisensi pendidikan, model praktikum, rekaman workshop agar dapat disimak kembali, serta sertifikat untuk menunjang pendidikan dan karir para peserta. Program simulasi yang diberikan diantaranya ialah program rigid docking dengan Autodock Vina, PyMOL 2.5, Autodock Vina 1.2, Autodock Tools 1.5.7 serta Orca 5.1.
Selain itu, para peserta akan mendapatkan pendampingan khusus berupa monitoring instalasi program serta problem-solving setelah acara workshop. Workshop juga dilengkapi dengan projek sehingga para peserta dapat mempraktikkan langsung materi yang diberikan. (SWP/Zul)
Sumber : https://www.ipb.ac.id/news/index/2022/06/pusat-studi-biofarmaka-tropika-ipb-university-gelar-workshop-docking-molekul/44f426d4c0e634b5d242a0ccc6e1fea4
