Dr drh Fitriya Nur Annisa Dewi Jelaskan Peran Penting Penerapan Bidang Ilmu Transkriptomik dalam Studi Kanker
Departemen Ilmu Komputer Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) IPB University bekerja sama dengan Working Group Bioinformatika FMIPA IPB dan Pusat Studi Biofarmaka Tropika – Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LPPM) IPB kembali menggelar Bioinformatics Webinar Series ke-14 dengan tema “Transcriptomics”, (16/06) . Kali ini membahas penelitian transkriptomik yang umum digunakan untuk memahami ekpresi gen. Data yang dihasilkan dapat menjadi dasar penelitian di berbagai bidang, khususnya kedokteran.
Dr drh Fitriya Nur Annisa Dewi, Dosen IPB University dari Sekolah Kedokteran Hewan dan Biomedis (SKHB) menyebutkan di era big data dan OMICS data yang sangat kaya, penelitian transkriptomik menjadi sebuah keniscayaan. “Salah satu metode transkriptomik high throughput yakni microarray dapat menganalisa sampel di level mRNA sekaligus dalam jumlah banyak. Dengan teknik ini, big data yang didapatkan kemudian dianalisa untuk mendapatkan makna fungsional dari data. Kemudian dapat dikaji lebih mendalam dengan pathway analysis, “ jelasnya.
Namun metode dan fasilitas microarray ini menurutnya masih sangat terbatas di Indonesia. “Di negara maju, pendekatan ini digunakan untuk memahami pola ekspresi gen berdasarkan kondisi fisiologis, biologis, dan patologis pasien atau subyek penelitian. Metode DNA microarray ini secara prinsipnya mengandalkan hibridisasi kecocokan nukleotida untuk menghasilkan big data, “ jelasnya.
Lebih lanjut dikatakannya, metode ini dapat menghemat energi dan waktu ketika mengevaluasi ekspresi marka dalam jumlah besar-besaran dibanding metode konvensional. Peneliti di Pusat Studi Satwa Primata LPPM IPB University ini mengatakan, “Teknik microarray bersifat robust dan high throughput, memberikan output hasil analisa ribuan gen atau protein sekaligus secara cepat. Pencarian makna biologis dari data eksperimental yang dihasilkan dilakukan secara komprehensif dan sekaligus dengan menggabungkan metode bioinformatika yang sesuai.”
“Kalau kita melakukan pendekatan yang sifatnya high throughput ini apalagi diikuti dengan analisis yang sifatnya fungsional, maka akan memberikan perspektif penelitian kita dalam arti yang luas atau dalam konteks networking gen atau proteinnya,”tambahnya.
Teknik ini, lanjutnya, sudah digunakan dalam berbagai studi kanker. Peneliti dapat mengetahui gen yang terlibat maupun gen yang dominan pada suatu jenis kanker. Aplikasi microarray di bidang riset terkait kanker ini beruna untuk diagnostik, perkembangan penyakit, respon pengobatan, maupun klasifikasi neoplasia dan prognosis. Bahkan, profil ekspresi gen yang didapatkan dapat dijadikan untuk mengklasifikasi jenis kanker sesuai tingkat keganasan dan risikonya, “ jelasnya.
Microarray, sebutnya, dapat menjadi tools untuk screening biomarka potensial , tools untuk diagnosa kanker, eksplorasi mekanisme molekuler suatu penyakit untuk membantu penentuan prognosis, eksplorasi aktivitas dan toksisitas obat, dan evaluasi hasil pengobatan. “Namun, penggunaan metode ini harus mempertimbangkan keterbatasannya. Perlu dilakukan validasi terhadap hasil terutama pada biomarka yang khas untuk menghindari over interpretation karena sangat tergantung pada kualitas data awalnya,” tuturnya.
Dalam kegiatan ini juga menghadirkan Aryo Tedjo MSi, Dosen Departemen Kimia Kedokteran – Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Ia menjelaskan terkait analisis basis data ekspresi gen dengan tools GE02R dan Orange. (MW)
Sumber : https://www.ipb.ac.id/news/index/2022/06/dr-drh-fitriya-nur-annisa-dewi-jelaskan-peran-penting-penerapan-bidang-ilmu-transkriptomik-dalam-studi-kanker/4b833fc24a4cb4482914b0a0f245d738
